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 1) 처분사유의 존부
  위 인정 사실과 갑 제5 내지 106호증, 을 제19 내지 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 행정관청이 현지조사를 실시하는 과정에서 조사상대방으로부터 구체적인 위반사실에 대하여 이를 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별 한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다고 할 것인데(대법원 2012. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조)，원고는 이 사건 현지조사 과정에서 피고가 작성한 부당청구명단을 확인하고 이를 모두 시인하는 내용의 확인서에 직접 서명 ․ 날인하였고, 위 확인서가 원고의 의사에 반하여 강제로 작성되었다고 볼 만한 자료가 없는 점，② 원고는 신종플루 예방접종을 위해 이 사건 병원을 내원한 환자들에게 예방접종을 하고 그들로부터 진료비용을 비급여로 받았음에도 진료기록부에는 급여대상에 해당하는 질병에 대한 진료한 한 것처럼 허위로 기재하여 요양급여비용을 청구한 점, ③ 원고는 신종플루 예방접종을 위해 내원한 환자들이 기존질환을 호소한 경우에는 실제로 그에 대한 추가적인 별도의 진료행위를 한 사례가 있다고 주장하면서 위 환자들에 대한 진료기록부(갑 제5호증 내지 86호증)를 제출하였으나, 이에 의하더라도 위 환자들의 과거 병력으로 고혈압, 갑상샘 기능 저하, 부정맥, 두통,  근육통, 무릎관절염 등이 기재 되어 있을 뿐 원고가 그에 대하여 진찰 ․ 검사 ․ 처방 등 실질적인 진료행위를 하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라 그와 같은 진료행위가 이루어졌다면 환자들에게 처방전을 발급하거나 예방접종비용 이외에 추가적인 본인부담 진료비 등을 청구했어야 하나 관련 자료가 없는 점(위 환자들의 소득 수준을 고려하여 추가적인 진찰료를 면제하여 주었다는 원고의 주장은 납득하기 어렵다), ④ 또한, 신종플루 예방접종을 위해 내원한 환자들을 상대로 사전에 과거 병력과 기존질환，현재의 건강상태 등을 파악하는 것은 신종플루 예방접종 시행 여부를 판단하는 중요한 요소로서 위 예방접종에 수반되는 진료행위이므로 예방접종비용에 당연히 포함되는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 병원에 내원한 환자들에게 비급여대상인 신종플루 예방접종을 하고 그 비용을 비급여로 받았음에도 진료기록부에는 급여대상에 해당하는 질병을 추가로 진료한 것처럼 허위로 기재하여 그 요양급여비용을 청구하였고, 이는 구 의료법 제68조 제1항 제7호에서 정한 ‘부정한 방법으로 진료비를 거짓 청구한 때’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
2) 거짓청구비율 산정의 적법 여부 등
 가) 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권을 일탈 ․ 남용하였는지 여부는 처분사유가 된 위반행위의 내용과 그 처분으로 달성하려는 공익상 목적 및 이에 따르는 제반 사정을 객관적으로 심리하여 공익 침해의 정도와 그 처분으로 개인이 입을 불이익을 비교하여 판단하여야 한다. 이 경우 제재적 행정처분의 기준이 부령의 형식으로 규정되어 있더라도 그것은 행정청 내부의 사무처리준칙을 정한 것에 지나지 아니하여 대외적으로 국민이나 법원을 기속하는 효력이 없고 당해 처분의 적법 여부는 위 처분기준만이 아니라 관계 법령의 규정 내용과 취지에 따라 판단되어야 하므로 위 처분기준에 적합하다 하여 곧바로 당해 처분이 적법한 것이라고 할 수는 없지만, 위 처분기준이 그 자체로 헌법 또는 법률에 합치되지 아니하거나 위 처분기준에 따른 제재적 행정처분이 그 처분사유가 된 위반행위의 내용 및 관계 법령의 규정 내용과 취지에 비추어 현저히 부당하 다고 인정할 만한 합리적인 이유가 없는 한 섣불리 그 처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 재량권을 남용한 것으로 판단해서는 안 된다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2007두 6946 판결 등 참조).
  한편 구 의료법 제66조 제1항 제7호에 따르면 피고는 의료인이 관련 서류를 위조 ․ 변조하거나 속임수 등 부정한 방법으로 진료비를 거짓 청구한 경우 1년의 범위 내에서 그 면허자격을 정지시킬 수 있고, 위 법 위반에 따른 제재적 행정처분의 기준을 정한 행정청 내부 사무처리준칙에 해당하는 구 의료관계 행정처분 규칙 제4조의 [별표] 2. 개별기준 가의 38)항은 위와 같은 위반사항에 대한 행정처분기준은 [부표]와 같다고 규정하고 있다. 그리고 [부표]에 따르면 월평균 허위청구금액은 조사의 대상이 된 기간 동안 관련 서류를 위조 ․ 변조하거나 속임수 등 부정한 방법으로 국민건강보험공단 또는 의료보장기관에 진료급여비용을 허위로 청구한 금액과 가입자 ․  피부양자 또는 수급권자에게 본인부담액을 허위로 청구한 금액을 합산한 금액을 조사의 대상이 된 기간의 월수로 나눈 금액으로 하고, 허위청구비율(%)은 ‘(총 허위청구금액/진료급여비용총액) ×100’ 으로 산출하며, 진료급여비용총액은 조사의 대상이 된 기간 동안 건강보험심사평가원 또는 근로복지공단에서 심사 ․ 결정하여 국민건강보험공단 또는 의료보장기관에 통보한 진료급여비용을 모두 합산한 금액으로 한다.
  나) 위와 같은 법리와 관련 법령의 내용 등을 토대로 이 사건에 관하여 보건대， ① 허위청구금액과 허위청구비율 및 의료기관의 종류에 따라 면허자격 정지기간을 달리 정한 [부표]의 처분기준에 관한 구간 설정 자체가 행정청이 가지고 있는 재량의 범위 내에서 정한 것이고, 이는 허위청구자들 사이의 형평 외에도 행위에 대한 비난 가능성, 의료기관에 대한 제재 및 예방적 효과 등 관련 사항을 종합적으로 고려하여 정책적으로 결정한 기준이라고 할 수 있으므로, 허위청구의 영역이나 금액 등 구체적 사정에 따라 절대적 ․ 기계적 평등이 달성되지 않는다고 해서 곧 그 기준이 비례의 원칙 등에 위반된다고 할 수 없는 점, ② 피고가 [부표]상 허위청구비율 산정의 기초가 되는 분모인 진료급여비용총액에 허위청구가 적발된 당해 영역의 진료급여비용 등 총액만을 적용하여 산정하는 방식은 [부표] 규정의 문언에 가장 부합하는 것으로 보일 뿐만 아니라 이와 달리 허위청구비율을 모든 영역의 청구금액을 합산한 총액을 기준으로 산정 하더라도 처분기준의 적용결과가 절대적 평등에 배치되는 경우가 전부 배제된다고 보기 어려운 점，③ 구 의료법 규정이 피고에게 권한을 부여한 면허자격정지의 기간 상한은 1년인데 비하여 [부표]에 정한 기간의 상한은 그보다 짧은 10개월이고, 피고는 위 규칙 시행 후 [부표]의 진료급여비용총액을 허위청구가 적발된 당해 영역에 한정한 합 산액으로 해석하여 허위청구비율을 정하여 운용해 왔고, 이와 같은 실무 관행은 상호 견련성이 있는 진료영역별로 구분하여 허위청구비율을 산정 ․ 적용해 온 것으로서 의료계 등 관련 분야에서 널리 받아들여져 온 것으로 보이는 점，④ 구 국민건강보험법(2011. 12. 31. 법률 제11141호로 개정되기 전의 것) 제39조, 제43조 등에 따라 지급되는 요양급여비용과 같은 법 제47조, 건강검진기본법 제24조, 건강검진 실시기준(2010. 12. 23. 보건복지부 고시 제2010-120호) 제14조 등에 따라 지급되는 건강검진비용은 각 영역별로 준거 규정과 지급 절차가 서로 달라 부정수급 사실에 대한 조사도 영역별로 따로 이루어지는 것이 보통일 것이므로 모든 경우에 조사 대상 기간 동안 당해 의료기 관에서 받은 진료급여비용 등의 총액을 파악하여야 하고 이를 기준으로 허위청구비율을 산정하여야 한다면 그로 인한 행정적 부담이 지나치게 커지고 제재의 적시성을 기하기 어려운 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 적용한 허위청구비율의 산정 방식, 즉 분모의 진료급여비용총액을 조사 대상 기간에 이 사건 병원에서 허위청구가 적발된 요양급여 영역의 진료급여비용 총액만을 적용하고 건강검진비용을 제외하여 산정하는 것이 반드시 부당하다고 보기 어렵고(대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두28865 판결 등 참조)，위와 같이 산정된 허위청구비율에 따라 내려진 이 사건 처분의 내용이 그 사유가 된 위반행위의 내용 및 관계 법령의 규정 내용과 취지에 비추어 현저히 부당하여 재량권 을 일탈 ․ 남용한 것이라고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장 역시 이유 없다.