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1) 처분사유 부존재에 관한 판단
가) 보건복지부장관은 의료인이 진료비를 허위로 청구한 경우 1년의 범위 내에 서 그 면허자격을 정지시킬 수 있다(구 의료법 제56조 제1항 제6호). 구 의료법 제53조의3의 위임에 따라 행정처분의 세부적인 기준을 정한 구 의료관계 행정처분 규칙 별표 및 부표에 따르면, 관련 서류를 위조 ․ 변조하거나 사위 기타 부정한 방법으로 진료비를 허위로 청구한 경우에 월평균 허위청구금액이 20만 원 이상 40만 원 미만이고, 진료비 허위청구비율이 0.5% 이상 1% 미만이면, 1월의 자격정지를 하도록 규정하고 있다.
 의료법에서 진료비 등의 허위 청구를 제재하는 규정을 둔 것은 의료인이 비위행위나 위법행위를 저지른 경우 면허자격을 정지시킴으로써 의료의 적정을 기하고, 국민의 건강을 보호 ․ 증진하고자 하는 데에 입법취지가 있는 점(대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두28865 판결 참조) 등에 비추어 보면, 진료비를 허위로 청구한 경우라 함은 사실과 달리 진료비를 청구한 모든 경우 즉, 실제 진료를 전혀 하지 않고 진료비를 청구한 경우뿐만 아니라 관계 법령 등이 요구하는 기준에 미치지 못하여 실질적으로 진료가 이루어진 것으로 볼 수 없는 경우를 포함한다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 받아들이지 않는다(원고가 제출한 증거만으로는 원고 주장과 같이, 원고가 기준에 미치지 못하는 운동 치료를 하고, 요양급여 등을 청구하였다고 인정하기도 부족하다).
나) 을 제4호증의 기재에 의하면, 원고는 피고의 조사과정에서 단순운동치료를 실시하지 않았음에도 그 비용을 허위로 청구하였다는 내용이 담긴 확인서에 서명 ․ 날인 하여 피고에게 제출한 사실을 인정할 수 있다. 피고의 행정조사 과정에서 작성된 위와 같은 각 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 진술되었음을 인정할 증거가 없으므로, 위 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560판결 등 참조).
다) 갑 제1，12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 주식회사 유비케어에 대한 사실조회결과, 증인 X의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면，① 원고가 전자진료기록부에 단순운동치료 지시를 하면, 이 사건 의료기관 소속 물리치료사가 치료를 하고 그 사실을 물리치료대장에 기재한 사실，② 이 사건 의료기관의 전자진료기록부의 특정 환자의 진료 기록 중 2004년 4월분의 최종 저장일은 2004. 5. 6.，2004년 5월 분의 최종 저장일은 2004. 6. 5.，2004년 6월분의 최종 저장일은 2004 7. 8.인 사실, ③ L, M, N, O, P은 이 사건 의료기관에서 허위청구가 문제된 기간 동안 운동치료를 받았다는 내용의 확인서를 2007년 7월경 작성하여 제출한 사실을 인정할 수 있다.
 한편 갑 제13, 14호증(가지번호 포함)，을 제8호증의 각 기재에 의하면, ① 특정 환자들에 대해서는 이 사건 의료기관의 전자진료기록부상에 단순운동치료 지시가 있음에도 물리치료대장에는 그 치료를 실시했음이 기재되어 있지 않은 사실, ② 이 사건 의료기관에서 운동치료 처방을 받은 Q은 2005. 1. 21. 피고의 전화 조사에서 손가락이 아파서 이 사건 의료기관에 갔으나 촛농물에 손을 담그고, 레이저 치료를 받은 것 이외에 물리치료사로부터 손가락 운동치료를 받지 못했다고 진술한 사실을 인정할 수 있다.
 이러한 사실을 종합하여 보면, 원고의 전자진료기록부 기재와 달리 실제 운동치료를 받지 못한 환자가 있음에도 원고는 그 사실을 확인하지 않고 비용을 청구한 것으로 보인다. 비록 원고의 전자 진료기록부가 조작된 흔적이 없다고 해도 실제 치료가 이루어졌는지 여부는 전자 진료기록부만으로는 확인이 안 된다. 일부 환자들(L, M, N, O, P)이 제출한 확인서는 치료를 받은 지 3년이 경과한 뒤인 2007년 7월경 작성되고, 사전 통지에 대한 원고의 의견서에 첨부되어 제출되었는데 그 제출시기에 비추어 위 확인서만으로는 원고 스스로 확인하고 서명한 확인서의 기재 내용을 뒤집기 부족하다.
 라) 구 의료관계 행정처분 규칙 별표 및 부표에 따르면 허위청구비율은 “(총허위청구금액/진료급여비용총액)×100”으로 산출하고, “진료급여비용총액”은 조사의 대상이 된 기간 동안 건강보험심사평가원 또는 근로복지공단에서 심사 ․ 결정하여 국민건강보험공단 또는 의료보장기관에 통보한 진료급여비용을 모두 합산한 금액으로 한다.
 피고는 위 허위청구비율 계산에 있어서 분모가 되는 진료급용비용총액에 건강보험심사평가원이 심사 ․ 결정하는 국민건강보험 요양급여비용 및 의료급여 비용만을 포함시켰고, 이외에 근로복지 공단에서 심사 ․ 결정하는 산업재해보상보험 요양급여 비용을 포함 시키지 않았다.
 그런데 위 규정은 건강보험심사평가원 또는 근로복지공단이 심사 ․ 결정하여 통보한 진료급여비용을 모두 합산하여야 한다고 되어 있을 뿐 건강보험심사평가원과 근로복지공단에서 심사 ․ 결정하여 통보한 진료급여비용을 모두 합산하여야 한다고 되어 있지는 않다. 또 국민건강보험，산업재해보상보험，의료급여 등은 각 영역별로 심사 주체, 준거 규정 및 절차가 상이해서 모든 경우에 조사 대상 기간 동안 당해 의료기관에서 받은 진료급여비용 등의 총액을 파악하여야 하고 이를 기준으로 허위청구비율을 산정하여야 한다면 그로 인한 행정적 부담이 지나치게 커지고 제재의 적시성을 기하기도 어렵다. 구체적인 사안에서 심사 주체별로 산정된 허위 청구비율에 따라 내린 면허자격 정치처분의 내용이 현저히 부당하다고 인정할 만한 합리적인 이유가 있다면 개별적으로 그와 같은 처분을 취소하면 된다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두28865 판결 참조). 따라서 피고가 허위청구비율 계산에 있어 건강보험심사평가원이 심사 ․ 결정한 급여비용만을 포함시켰다고 해서 이러한 사정만을 들어 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다.
  마) 또 원고는 피고가 들고 있는 단순운동치료 미실시자 중 C(청구금액 7,659원), D(청구금액 3,830원), E(청구금액 3,830원), F(청구금액 3,830원), G(청구금액 3,830원), H(청구금액 3,830원)에 대해서는 실제 치료가 이루어졌는데, 피고가 착오로 이를 허위청구금액에 포함시켰거나 물리치료사가 물리치료대장에 이름을 잘못 기재하는 바람에 허위청구금액에 포함되었다고 주장한다.
 그런데 원고 주장처럼 위 환자들에 대한 청구금액을 허위청구금액에서 제외한다고 하더라도 여전히 원고의 허위청구비율은 약 0.51%(조사대상기간 동안의 총 허위청구 금액 1,688,274원 - 원고가 제외를 주장하는 위 부분 합계 26,809원) ÷ 조사대상기간 동안의 진료급여비용총액 320,726,330원)이므로 여전히 구 의료관계 행정처분 규칙 별표 및 부표의 월평균 허위청구금액이 20만 원 이상 40만 원 미만이고, 진료비 허위청구비율이 0.5% 이상 1% 미만인 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 처분사유가 부존재 한다고 볼 수는 없다.
 2) 재량의 일탈 ․ 남용에 관한 판단
 갑 제2호증의1，3 내지 8, 19호증의 각 기재에 의하면, 피고는 2005. 1. 17.경 이 사건 의료기관에 대한 현지조사를 실시하고, 2005년 10월경 원고에게 요양급여비용 등 부당청구를 이유로 과징금부과 및 부당이득환수처분을 하고 이를 징수한 사실, 피고는 2007. 7. 3. 원고에게 의사면허자격정지처분 사전 통지를 하고, 이에 원고가 2007. 7. 27. 사전 처분에 대한 의견서를 제출한 사실, 피고는 2011. 6. 16. 원고에게 사전 통지서와 같이 자격정지 처분을 할 것이라는 취지의 사전 안내 공문을 보내고, 이에 원고 가 2011. 7. 5. 또 다시 의견서를 제출한 사실을 인정할 수 있다. 피고가 2012. 10. 5. 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 과징금과 부당이득환수의 경우 현지조사 후 바로 처분이 이루어진 반면, 이 사건 처분의 경우 현지조사 후 7년 8개월 이상이 경과하고, 사전 통지와 의견 제출 후에도 4년이 지나서야 이루어졌다. 원고는 위 기간 동안 불안정한 지위에 있었다고 할 것인데, 피고가 이 사건 처분에 이르기까지 위와 같은 시간이 필요하였다고 볼만한 합리적인 사정을 찾기 어렵고, 이 사건 처분을 하면서 이와 같은 처분 지연의 사정을 형량의 요소로 참작한 것으로도 보이지 않는다. 또한 오랜 시간 경과 후 이 사건 처분이 이루어져 원고가 자신의 방어방법을 충실히 갖추기도 어려웠을 것으로 보인다. 원고가 작성한 진료기록부상의 명단과 일자별 물리치료대장상의 명단이 일부 상이한 경우도 있고, 물리치료 후 명단 작성과정에서 오류가 발생했을 가능성도 전적으로 배제할 수 없다(이러한 가능성만으로 이 사건 처분 사유 자체가 부존재한다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다). 원고의 허위청구비율은 처분 기준을 0.02% 초과하였을 뿐이고, 금액으로 환산하면 약 84,000원 정도이다. 구 의료관계 행정처분 규칙 별표 및 부표에 따르면, 해당 사건에 관하여 기소유예의 처분을 받거나 선고유예의 판결을 받은 경우 각 해당 처분 기준에서 2분의 1, 3분의 1의 범위에서 감경할 수 있도록 하고 있는데, 원고에 대해 형사절차는 진행되지 아니하였다.
 이러한 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 참작하여야 할 형량요소를 고려하지 아니하였거나 이익형량을 잘못하여 재량권을 일탈 ․ 남용한 위법이 있다.