정부가 해외 수주 임상시험용역에 대해 '영세율'을 적용키로 했다．

영세율이란, 일정한 재화나 용역의 공급에 대해 0%의 세율을 적용해 부가가치세의 부담을 완전히 제거하는 제도. 매출액에 영세율을 적용하면 매출세액이 제로(0)가 되므로 매입세액을 전액 환급받을 수 있다．

기획재정부는 6일 이 같은 내용을 담은 '2014년 세법 개정안'을 내놨다．

영세율 대상 외화획득 용역에 임상시험용역 추가

기재부는 병원 등 의료기관이 해외 제약사에 임상시험용역을 제공하고 외화를 획득하는 경우 부가가치세 영세율을 적용키로 했다.

비거주자 및 국외사업자에게 제공시, 영세율이 적용되는 외화획득 용역의 범위에 의료기관이 제공하는 임상시험용역을 추가해, 해외에서 수주받은 임상시험용역에 대해서는 별도의 부가가치세를 적용치 않기로 한 것.

기재부는 "의료기관의 임상시험용역 경쟁력을 제고하려는 것"이라고 개정 이유를 밝혔다．

영세율이 적용되면 해당 용역에 대한 매출세액이 영(0)원이 되므로 부가가치세 부담이 사라진다. 영세율 적용대상은 0%의 세율을 적용받게 되므로 세부담은 덜게 되지만, 부가가치세법상 과세사업자로 신고 등의 제반의무는 이행해야 한다．

해외 수주 임상시험용역에 대한 영세율 적용은, 영 시행일 이후 공급분부터 바로 적용된다．

  
▲영세율 대상 외화획득 용역에 임상시험용역 추가 (부가령 §33②/ 2014년 세법 개정안).

지방 시·군 소재 비영리의료법인, 고유목적사업준비금 손금산입 특례 확대

세법 개정안에는 지방 시·군소재 비영리의료법인에 적용하던 고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용기간을 연장하고, 손금산입한도를 기존 80%에서 100%로 확대하는 안도 담겼다．

정부는 그간 대학병원이 없는 인구 30만명 이하 시·군지역에서 의료업을 영위하는 비영리 내국법인에 대해 손금산입 특례를 적용, 수익사업 소득의 80%까지 손금산입을 인정해왔다. 적용기한은 올해 연말까지．

정부는 세법 개정을 통해 지방 비영리법인의 손금산입 특례 적용기한은 2016년말까지로 연장했으며, 손금산입 한도를 현행 80%에서2015년부터 100%로 확대키로 했다．

기재부는 "의료취약지역지역의 공익의료서비 지원을 위한 것"이라고 개정 이유를 밝혔다．

현금영수증 가맹점 가입기간 합리화·사업장현황신고 불성실 가산세 부과대상 명확화

현금영수증 가맹점 가입기한도 일부 조정된다．

기재부는 납세편의 제고를 위해 현금영수증 가맹기한을 기존 사업자등록일로부터 3개월에서, 내년부터는 사업자등록일이 속하는 달의 말일부터 3개월로 변경키로 했다．

아울러 의료업과 수의업·약사업에 대해 적용되고 있는 사업자 현황신고 불성실 가산세제도와 관련해서는, 겸영사업자가 부가가치세 신고시 면세수입금액을 과소신고한 경우에도 가산세 부과대상임을 법률로 명시키로 했다．

불성실 신고사업장에 대해서는 '무신고·과소신고수입금액×0.5%'가 가산세로 붙는다．

난임부부 체외수정 시술비, 한도없이 세액공제...사내 의료기관 설치비도 세액공제

내년부터는 난임부부 체외수정시술비·사내 부속의료기관 설치비용에 대한 세액공제도 확대된다．

기재부는 근로자 복지증진시설 공제대상에 의료법상 사내 부속의료기관을 포함, 사내 의료기관 설치시 투자금액의 7%를 세액공제키로 했다. 현재에는 종업원용 기숙사와 무주택 종업원용 임대국민주택·직장어린이집 등에 대해서만 투자금액의 7% 한도에서 세액공제가 적용되어 왔다．

아울러 의료비 세액공제 한도미적용 대상으로 난임부부 체외수정시술비를 추가, 난임부부 시술비에 대해서는 별도의 한도없이 총급여 3% 초과금액의 15%에 대해 세액공제를 적용키로 했다．